La flora canalare è responsabile delle infezioni primarie e le procedure terapeutiche devono attuare una gestione clinica ottimale di tutti i problemi associati con il controllo  e l’eliminazione dell’infezione.

Uno studio pubblicato su Correre Medico Odontoiatria (2008;09:37-46) evidenzia come l'ambiente endodontico è un habitat che favorisce lo sviluppo di microflora anaerobica ricordando che diverse ricerche patobiologiche hanno evidenziato quelle che sono le condizioni favorevoli per lo sviluppo e lo stabilirsi della flora endodontica, oltre alle proprietà biologiche e le condizioni dell'ambiente endodontico che favoriscono la patogenicità della flora canalare. 

E’ quindi molto importante, sottolineano gli autori, ottimizzare gli aspetti di natura meccanica e chimica del trattamento in modo che la corretta esecuzione sarà indispensabile per ottenere un'idonea terapia canalare.