Le condizioni ambientali che portano un’infezione ad estendersi modificano anche la composizione della flora batterica i cui batteri possono sopravvivere o meno a seconda della presenza di un certo tipo di nutrimento, di anaerobiosi, di un certo ph e anche grazie alla competizione o cooperazione con altri microorganismi. Ne consegue che la prevalenza di determinati microorganismi può essere non tanto la causa della malattia ma il suo risultato: in quanto i microbi più resistenti sono proprio quelli che più sono in grado di adattarsi alle mutate condizioni ambientali magari aggregandosi tra specie differenti per meglio adattarsi ad  un ambiente ostile. Per quanto riguarda le infezioni endodontiche i patogeni più pericolosi possono essere entità polimicrobiche capaci di modificarsi geneticamente e fisiologicamente in risposta a cambiamenti delle condizioni ambientali all’interno del canale radicolare.

Un articolo pubblicato sul Corriere Medico (2008;11:45-56) ha spiegato che per poter individuare la migliore tecnica per eliminare i batteri è importante capire le differenze tra i diversi ambienti in cui i batteri si trovano ad agire in particolare tra canali trattati o non trattati endodonticamente; un canale radicolare infetto, non trattato, presenta peptidi e amminoacidi che favoriscono la crescita di microorganismi che trovano nutrimento con facilità, mentre in un canale ben trattato endodonticamente, in cui la polpa necrotica è stata eliminata, è difficile per molte specie di microbi trovare nutrimento sufficiente a sopravvivere. Le uniche specie che resistono sono  quelle entrate nel canale durante il trattamento o che si sono sviluppate a causa di un sigillo coronale difettoso.

Riuscire quindi a capire quale è la reale composizione della flora batterica, concludono gli Autori, serve per pianificare i trattamenti più efficaci per il trattamento dei denti endodonticamente compromessi.